
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康过酸表达淀粉酶组学产品,实现1000+深奥度淡化位点检测出,保持稳定逆转经典之作靶点,全八卦方位生信解析解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“知道”到“查验”全环节服务项目,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、研究具体流程
02、亲测数据库
03、经“点”逆转
在场地实测数据资料中,查出俩个资料中宣传报道的经典爱情靶点和衣康酸呈现位点,如最个被遇到的衣康酸共价呈现血清KEAP1,同时还有糖酵解径路中的3个的关键因素酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,甚至炎性小体组合而成血清NLRP3和癌细胞损伤历程中的的关键因素血清RIPK3等,其质谱图下面图如图是。
04、产品设备基本特征
1.几吨质控
餐饮业化炎症因子聊天测试探针孵育、SDS-PAGE检验、WB认可、模板相应的性分析一下等各定位检验,保障品牌結果稳定性。2.高能力质谱实验室设备软件
在Orbitrap Astral全新几代高分辩质谱仪六道金刚咒下,做到衣康酸性反应淡化位点及淀粉酶签别新深层次,机械助力科学实验研究方案新感觉。3.全标准流程站台式安全服务
鉴于拜谱生物工程完美的科学试验app,可给予“受损细胞教育培养→探头孵育→WB探测→高妙度衣康硝化作用掩盖探测→专业生信定性分析→对应位点PRM效验”全流程图服务项目,省时省时省力更安心省心。05、浅析的内容(部位)
06、app路径
PART 2、论文参考文献分亨
文献资料一
英文字母版头:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
常常主题词:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
学习网站内容:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
文章二
英语主题词:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
中文名字一级标题:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
钻研内部:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、实例诞生难点
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13存在强大的底物结合在一起工作能力,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱海洋生物衣康碱化修饰语组试验数据报告中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康酸性反应遮盖(正确图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱总结
作为一个TCA巡环中的里面分泌物,衣康酸国家宏观调控分泌、免役力系统和发炎间的主动用途,为中药制疗免役力系统发炎性病毒保证了用作中药制疗策略性。衣康酸的格局中的亲电性α,β-不饱和状态羧酸的格局能对淀粉酶质上的活性酶类半胱氨酸残基来进行烷基化淡化(迈克尔暴击伤害作用),这些泰语翻译后淡化被被称作“衣康酸淡化(itaconation)”,继而干扰淀粉酶质功用,国家宏观调控免役力系统初次应答和分泌路线,为很多病毒药物剂量新产品开发保证新策略。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康硝化作用体现球蛋白组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物临床丝毫酶联免疫法靶向疗法细胞代谢组(QMT1000)或热量分泌靶向疗法分泌组类产品对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
选取专著
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.